In applicazione di tali princìpi, e con specifico riferimento al trattamento dei dati idonei a rivelare lo stato di salute contenuti nelle certificazioni attestanti lo stato di malattia prodotte da un dipendente di una pubblica amministrazione, l'Autorità ha già rilevato, anzitutto, che il vigente quadro normativo non prevede l'obbligo dell'invio al datore di lavoro di certificazione medica contenente anche l'indicazione della diagnosi. In difetto di una disposizione speciale che disponga diversamente, "il lavoratore assente per malattia è tenuto a presentare al datore di lavoro esclusivamente l'attestazione della prognosi" (Provv. 15 aprile 2004, doc. web n. 1092564, confermato dall'autorità giudiziaria -Tribunale di Genova, sent. n. 4982 del 27 dicembre 2005-).
Tale principio è stato ribadito nelle "Linee guida in materia di trattamento di dati personali di lavoratori per finalità di gestione del rapporto di lavoro in ambito pubblico" adottate dal Garante con deliberazione del 14 giugno 2007 (G.U. 13 luglio 2007, n. 161–doc. web n. 1417809). Per quanto concerne le assenze per ragioni di salute (par. 8.2), premesso che la normativa sul rapporto di lavoro prevede specifici obblighi nei riguardi del lavoratore al fine di consentire al datore di lavoro di verificare le sue reali condizioni di salute nelle forme di legge "anche al fine di accertare l'idoneità al servizio, alle mansioni o allo svolgimento di un proficuo lavoro", il Garante ha poi nuovamente chiarito che "è previsto che venga fornita all'amministrazione di appartenenza un'apposita documentazione a giustificazione dell'assenza, consistente in un certificato medico contenente la sola indicazione dell'inizio e della durata della presunta infermità: c.d. "prognosi". In assenza di speciali disposizioni di natura normativa, che dispongano diversamente per specifiche figure professionali , il datore di lavoro pubblico non è legittimato a raccogliere certificazioni mediche contenenti anche l'indicazione della diagnosi".
Ove non si verta in uno di tali casi speciali, "qualora il lavoratore produca documentazione medica recante anche l'indicazione della diagnosi insieme a quella della prognosi, l'amministrazione ( … ) deve astenersi dall'utilizzare ulteriormente tali informazioni (art. 11, comma 2, del Codice)". Anche "all'esito delle visite di controllo sullo stato dell'infermità ( … ) il datore di lavoro pubblico è legittimato a conoscere i dati personali dei lavoratori riguardanti la capacità o l'incapacità al lavoro e la prognosi riscontrata, con esclusione di qualsiasi informazione attinente alla diagnosi".